Vystavení zálohové faktury
O zálohových fakturách se neúčtuje, proto doporučujeme vytvořit si novou knihu na Zálohové faktury.
O zálohách se ve Variu účtuje až v okamžiku jejich úhrady.
Ve vytvořené knize Zálohové faktury založíte nový záznam jako u normální faktury 
. Při vyplňování údajů bude jediný rozdíl v tom, že se nezadává DUZP, ale místo plnění, aby bylo možno vyjádřit i DPH na záloze.
Poznámka: V možnostech knihy odškrtněte možnost Účtovat doklady v knize.
Dále: je záloha zaplacena? Můžete vystavit daňový doklad o přijetí platby.
Korektní zpracování předkontací zálohových faktur
Je možné vytvářet zálohové faktury s více řádky různých předkontací.
Zálohové faktury můžete vytvářet jako "proforma" fakturu - jako obraz reálné posléze vystavené faktury (např. vytvořit zálohovou fakturu z položek skladu stejných, jako budou posléze na reálné faktuře). Při proplacení zálohové faktury je provedeno zaúčtování zálohové faktury na příslušné předkontace jednotlivých řádků včetně částky DPH. Po vystavení řádné faktury a navázání zálohové faktury je při účtování provedeno korektní odúčtování všech řádků zálohové faktury a zaúčtování řádků řádné faktury včetně zpracování DPH.
Od vydání 20070704 vždy provádějte předkontaci zálohové faktury - při platbě zálohové faktury se částka připíše na konto uvedené v příslušném řádku či řádcích ZF a při vystavení daňového dokladu či faktury se z příslušného konta (či kont) opět odečte a zaúčtuje se dle informací uvedených v daňovém dokladu. Tím je zajištěna průběžná průkaznost účetnictví.